/

/

onsiteseq_rice

Обзор ДокументацияВойти

/

/

onsiteseq_rice

Аналитика

Безопасность

onsiteseq_rice

Описание

«OnSiteSeq Rice: применение портативного программно-аппаратного комплекса нанопорового секвенирования для экспресс-определения расового состава и профиля фунгицидной резистентности Pyricularia oryzae непосредственно на рисовом поле»

100.9 MiB

В избранном0

Языки

Jupyter Notebook59,7%
Python38,4%
Shell1,9%

Сообщить о нарушении

Коммиты:

OnSiteSeq Bot

full run reads: retry-all-errors on curl fallback (transient ENA 403), incremental reads backup to Drive per isolate

29 сен 2026, 07:17

29 сен 2026, 07:177d49074

models: .pt-варианты моделей Clair3 (конверсия TF→PyTorch официальным convert_tf_checkpoint_to_torch.py) — moryzae_smoke (наша, SMOKE-файнтюн P. oryzae) и bacteria_finetuned_pt (страховка); add -f, т.к. clair3_models/ в gitignore

19 дней назад

demo: переименовать демо-изолят в ASCII (DEMO-2026-P-001) — кириллица ломается через SSH/locale на Jetson

19 дней назад

docs: скриншот демо-прогона DEMO-2026-P-001 (13/13, Cockpit Edge на Jetson) в README, раздел Пайплайн

19 дней назад

v1.1: верификация локусов и маркеров, референсы, офлайн-модель Clair3

2 месяца назад

poster_bppb2026

README: photo of the poster at the BPPB-2026 poster session

18 дней назад

simulate_demo: дефолтные имена образцов в ASCII — кириллица ломается через SSH/locale на Jetson

19 дней назад

full run reads: retry-all-errors on curl fallback (transient ENA 403), incremental reads backup to Drive per isolate

7 дней назад

fix: Bos1 fungicide class is dicarboximides (no such class as 'трикарбоксимиды'); Bos1 row -> monitoring per our own markers DB (Q369P described only for B. cinerea)

19 дней назад

Вход пайплайна на конвенцию Cockpit: data/raw/SRA (config, Snakefile, simulate_demo, ignore)

2 месяца назад

clair3_models/ — drop-in директория модели Clair3 в контексте сборки (fallback: wget в Dockerfile)

2 месяца назад

GorbenkoR_OnSiteSeq_rice_bppb2026.docx

README for public repo: BPPB-2026 theses, Clair3 fine-tune (upstream issues, smoke/full notebooks), pipeline, P. infestans outlook, poster; + theses docx and dialog logs

20 дней назад

README: photo of the poster at the BPPB-2026 poster session

18 дней назад

snakefile: правило archive_reports — финальные отчёты в results/archive/ (конвенция Cockpit: backend сканирует <results_dir>/archive/*.html, иначе 'Отчёты не найдены')

19 дней назад

sequencer naming: Flongle -> Nanoporus (our device) in poster, README, Snakefile, config; MinION kept for public SRA data provenance

20 дней назад

release: v1.0.3 — состояние конференции БППБ-2026: prepare_ref (.fai в results/), демо-изолят DEMO-2026-P-001, ASCII-имена образцов, модель moryzae_finetuned (TF→.pt) вместо bacteria

19 дней назад

README.md