/

/

onsiteseq_rice

Обзор ДокументацияВойти

/

/

onsiteseq_rice

Аналитика

Безопасность

onsiteseq_rice

Описание

«OnSiteSeq Rice: применение портативного программно-аппаратного комплекса нанопорового секвенирования для экспресс-определения расового состава и профиля фунгицидной резистентности Pyricularia oryzae непосредственно на рисовом поле»

173.28 MiB

В избранном0

Языки

Jupyter Notebook55,1%
Python43,2%
Shell1,7%

Сообщить о нарушении

Коммиты:

OnSiteSeq Bot

docs: edge-образ rice — база Ubuntu 20.04

26 окт 2026, 23:44

26 окт 2026, 23:44de4d6a2

feat(models): TF-чекпоинт bacteria_finetuned в репозитории (bio8 нестабилен из облаков; сборка образа без сети-зависимости; Э0 capsule-builder)

5 дней назад

месяц назад

месяц назад

fix(config): возврат на TF-модель bacteria_finetuned — bioconda clair3 1.0.10 это TF-рантайм (run_clair3.sh проверяет pileup.index); .pt остаются для миграции на v2 (Э0 capsule-builder)

5 дней назад

poster_bppb2026

README: photo of the poster at the BPPB-2026 poster session

месяц назад

docs(C1/C2)+fix(C2): NanoFilt --maxlength против химер; simulate_demo помечен как проверка труб; FINDINGS: статусы исправлений по всем пунктам

9 дней назад

fix(B1-B3): файнтюн — мтДНК OP095391.1 добавляется в референс (cyt_b входит в обучение/валидацию; assert по акцессии вместо эвристики 'маленький контиг', которая брала ядерный скаффолд); trusted.bed = 1-к-1 dnadiff .mcoords минус повторы как bed_fn для RU и тензоров (ложные негативы в невыровненных регионах убраны); приёмка Фазы 6 — genome-wide F1 первичен, локусы информационны

9 дней назад

fix(C3/B5): фазы CDS в GFF (build_refs: накопленная длина сегментов, Bos1/AVR_Pita рамки исправлены — регенерирован all_targets.gff); пин clair3 <1.1 (TF-модель в проде; .pt — осознанный переход позже); комментарий про нумерацию cob; README: moryzae_smoke помечена экспериментальной, прод = bacteria до приёмки на holdout

9 дней назад

месяц назад

месяц назад

docs: верификация 2026-10-20 — DAG dry-run зелёный (16 правил), marker_genotyper проверен на реальном BAM (ALT/NO-CALL), A5 первая волна литературы (CYP51A сверхэкспрессия главный механизм DMI; MoIRR R343W кандидат v3)

9 дней назад

GorbenkoR_OnSiteSeq_rice_bppb2026.docx

месяц назад

docs: edge-образ rice — база Ubuntu 20.04

2 дня назад

docs(C1/C2)+fix(C2): NanoFilt --maxlength против химер; simulate_demo помечен как проверка труб; FINDINGS: статусы исправлений по всем пунктам

9 дней назад

fix(config): возврат на TF-модель bacteria_finetuned — bioconda clair3 1.0.10 это TF-рантайм (run_clair3.sh проверяет pileup.index); .pt остаются для миграции на v2 (Э0 capsule-builder)

5 дней назад

месяц назад

README.md