profile: sync HIV and TB metrics with current models

profile: add OnSiteSeq Caps

docs: edge-образ rice — база Ubuntu 20.04

Обновить описание базы edge-образа rice

feat(models): TF-чекпоинт bacteria_finetuned в репозитории (bio8 нестабилен из облаков; сборка образа без сети-зависимости; Э0 capsule-builder)

fix(config): возврат на TF-модель bacteria_finetuned — bioconda clair3 1.0.10 это TF-рантайм (run_clair3.sh проверяет pileup.index); .pt остаются для миграции на v2 (Э0 capsule-builder)

fix(config): Clair3 — PyTorch-модель bacteria_finetuned_pt из репозитория (bioconda clair3>=1.0.8 — v2-рантайм, TF-чекпоинты не читает); обновлён комментарий в calling.yaml (Э0 capsule-builder)

fix(envs): calling.yaml — samtools >=1.15 вместо >=1.17: clair3 1.0.x собран против samtools 1.15.1.*, пин >=1.17 делал env нерешаемым на linux-64 (Э0 capsule-builder, 2026-10-23)

TB-Lineage-Detector v2: SNP-баркод Napier et al. 2020 вместо 1D-CNN

TB-Res v3: каталог ВОЗ 2023 + модель на CRyPTIC; v1 отозван

docs: верификация 2026-10-20 — DAG dry-run зелёный (16 правил), marker_genotyper проверен на реальном BAM (ALT/NO-CALL), A5 первая волна литературы (CYP51A сверхэкспрессия главный механизм DMI; MoIRR R343W кандидат v3)

docs(C1/C2)+fix(C2): NanoFilt --maxlength против химер; simulate_demo помечен как проверка труб; FINDINGS: статусы исправлений по всем пунктам

fix(B1-B3): файнтюн — мтДНК OP095391.1 добавляется в референс (cyt_b входит в обучение/валидацию; assert по акцессии вместо эвристики 'маленький контиг', которая брала ядерный скаффолд); trusted.bed = 1-к-1 dnadiff .mcoords минус повторы как bed_fn для RU и тензоров (ложные негативы в невыровненных регионах убраны); приёмка Фазы 6 — genome-wide F1 первичен, локусы информационны

fix(C3/B5): фазы CDS в GFF (build_refs: накопленная длина сегментов, Bos1/AVR_Pita рамки исправлены — регенерирован all_targets.gff); пин clair3 <1.1 (TF-модель в проде; .pt — осознанный переход позже); комментарий про нумерацию cob; README: moryzae_smoke помечена экспериментальной, прод = bacteria до приёмки на holdout

feat(A4): AVR-профайлер v1.1 — относительный порог присутствия (max абс., доля медианы соседних локусов — против кросс-толка баркодов при 10^4x), внутренний контроль амплификации (отсутствие AVR недоказуемо при ПЦР-провале), AVR-Co39 constitutive_absent вне оценки риска, вердикт 'AVR-профиль с оговорками' вместо 'расы'. Тесты A1-A5

feat(A3): фильтр идентичности ридов filter_identity (aligned>=80% длины, NM<=5%) — референс только из ампликонов принимал риды любого гриба с листа; coverage/Clair3/marker_genotyping/AVR переведены на filtered.bam; статистика total/passed в qc/*_identity_filter.tsv

feat(A1/A2): прямое генотипирование маркеров по mpileup — состояния REF/ALT/MIX/OTHER/NO-CALL, глубина и AF на маркер; 'нет данных' больше не равно 'чувствителен'. Отчёт: суммарная длина локусов из .fai, пороги из config, честный баннер без 'Результат надёжен'. Тесты: G1-G5 + парсер mpileup

docs(readme): уточнена формулировка про демонстрационный стенд

docs(readme): уточнена формулировка про демонстрационный стенд