XSA модель - шпрот черноморский в водах России

English version available below

Биостатическая модель расширенного анализа пополнения (extended survivor analysis) в среде R с набором входных данных для выполнения полноценного анализа в среде R. В результате анализа вы получите сгенерированный отчет со всеми стадиями: Входные данные, первичная диагностика, построение модели, диагностика модели, уравнение запас-пополнение, биолоигческие ориентиры, сценарии прогноза.

1. Требования

1. R version >= 3.6.1
2. FLR packages >= 2.6.2
3. Devtools, Rtools
4. Rstudio 1.1.xx (1.2 bugged)

Установка нужных пакетов:

# default R packages
install.packages(c("dplyr", "magrittr", "tibble", "fishmethods", "icesAdvice", "rmarkdown"))
# install FLR (for XSA)
install.packages(c("FLCore", "FLXSA", "FLAssess", "ggplotFL", "FLBRP", "FLash"), repos="http://flr-project.org/R")
# install EQSIM for SRR model simulations
library("devtools")
install_github("ices-tools-prod/msy")

2. Выполнение анализа

Входные данные для анализа расположены в папке

Параметризация модели выполняется в начале файла

config.stock.name <- "Sprattus sprattus" # fish title
config.stock.desc <- "Sprat stock information in FLCore format from 2000years" # fish stock description
....

Для выполнения анализа запустите Rstudio и откройте проект из папки этого репозитория (файл с названием xsa.proj). Откройте файл

Если у вас нет Rstudio вы можете выполнить анализ из консоли:

setwd("path/to/sprat-xsa/")
source("run.R")

Результаты анализа в текстовом и графическом варианте будут сохранены в папке

3. Построение отчета и результаты

Для построения результрирующего отчета (английский язык) выполните в консоли:

render("Result.Rmd")

В результате появится файл

4. Информация и АП

• FLR-project
• ICES MSY
• ICES Advice

5. Автор

Пятинский Михаил, Азово-Черноморский филиал ФГБНУ ВНИРО

Email: pyatinskiy_m_m@azniirkh.ru. Telegram: @zenn1989. Twitter: @followzenn

English version: Black sea sprat stock assessment (Russian water fishing unit)

There is a complete XSA model approach with final report (markdown) generator are presented. Analysis are writen on R. The final report will summarise: preliminary diagnostics, model fitting, model diagnostics, SRR fitting, BRP calculation, forecasting scenarious and other.

1. Requirements

1. R version >= 3.6.1
2. FLR packages >= 2.6.2
3. Devtools, Rtools
4. Rstudio 1.1.xx (1.2 bugged)

Install required packages:

# default R packages
install.packages(c("dplyr", "magrittr", "tibble", "fishmethods", "icesAdvice", "rmarkdown"))
# install FLR (for XSA)
install.packages(c("FLCore", "FLXSA", "FLAssess", "ggplotFL", "FLBRP", "FLash"), repos="http://flr-project.org/R")
# install EQSIM for SRR model simulations
library("devtools")
install_github("ices-tools-prod/msy")

2. Performing analysis

Input data (stock and indices) are placed at

After preparing input data - parametrize model by config section in

config.stock.name <- "Sprattus sprattus" # fish title
config.stock.desc <- "Sprat stock information in FLCore format from 2000years" # fish stock description
...

To run assassment the best choice is run Rstudio and open project from this repository (file with name sprat-bsea.proj). Then in file manager (Rstudio) open

If you dont want to use Rstudio you can run it directly by:

setwd("path/to/sprat-xsa/")
source("run.R")

All results will be saved in

3. Build report

To build the final report with markdown you should run:

render("Result.Rmd")

and you will found

4. Credintials

• FLR-project
• ICES MSY
• ICES Advice

5. Author

Mikhail Piatinskii, Azov-Black sea branch of VNIRO

Email: pyatinskiy_m_m@azniirkh.ru. Telegram: @zenn1989. Twitter: @followzenn