Squash 'studio-migration-9ac0444b-53cf-4fc1-af1a-8e780b28ee74-migration' into dev

Исправление способа передачи БД в функции.

Отказ от typedef в пользу using

Отказ от практики использования using namespace std;

Обновление до новой версии vcpkg. Правка под новомый api rocksdb. Удаление лишних комментариев.

Добавлено исключение для .gitignore файла с настройками окна

Исправление запуска консольного режима

Добавлен интерфейс.

Стиль. Предупреждения о типах и возможных потерях.

Добавлены элементы статистики, работа с кэшем при поиске троек.

Добавлен проект с тестами. Написано несколько тестов для проверки интеграции проекта в решение. Исправлено описание HashPAF.

Добавлена загрузка готовых последовательностей из файлов.

Добавлена возможность выбрать режим работы. Доступно раздельное заолнение таблиц последовательностей и поиск матрицы.

Merge branch 'master' of https://gitverse.ru/Kurtianik/PropusMatrixSearch

Переход на 128-битный хеш для ПАФ для увеличения порядка искомых матриц.

Gереход на 128-битный хеш для ПАФ для увеличения порядка искомых матриц.

Добавлен докер

докер

Доработано ТЗ. Добавлены шаблоны.

Добавлено ТЗ и файлы заготовки для гита и GigaCode агента.