Была проблема с GitVersion.MSBuild 6.4.0. При сборке из VS AssemblyInfo.cs создавался .NET SDK автоматически, в нем записывалась стандартная версия, а GitVersion не перезаписывал эти свойства. Проблема решилась только использованием gitversion CLI и вызовом команды обновления версии перед сборкой приложения